강의 따라하기
AI를 활용한 논문작성 입문 · 2026년 8월 27일
한국의약품안전관리원 임직원 교육에서 화면으로만 보여 드린 순서를, 자리에 돌아가 혼자 처음부터 끝까지 밟을 수 있도록 정리했습니다.
이 페이지의 설치 절차와 링크는 2026-08-17에 마지막으로 확인했습니다.
이 페이지는 무엇입니까
2026년 8월 27일 한국의약품안전관리원 임직원 교육 「AI를 활용한 논문작성 입문」에서 쓴 순서를 그대로 옮겨 둔 페이지입니다. 강의는 강의장 PC로만 진행했기 때문에 도구 화면을 미리 찍어 둔 캡처로만 보여 드렸습니다. 직접 밟는 순서는 여기 있습니다.
새로 배울 것은 폴더 하나뿐이고, 설치할 프로그램은 둘뿐입니다. 강의를 듣고 오신 날 저녁에 앉아서 여기까지 다 하실 수 있는 분량입니다.
강의에서 다룬 세 단계는 보고서에도, 지침에도, 논문에도 똑같이 적용됩니다. 갈라지는 곳은 마지막 검토 단계에서 어떤 기준을 쓰느냐 하나뿐입니다.
| 단계 | 하는 일 | 여기서 쓸 도구 |
|---|---|---|
| 모으기 | 질문을 정하고 근거를 검색해 기록으로 남김 | 의학문헌 검색 스킬 |
| 짓기 | 모은 것을 개념과 관계로 이음 | 지식 그래프 플러그인 |
| 검토 | 정해 둔 기준에 맞춰 원고를 점검 | 논문 검토 스킬 |
준비물
순서가 있습니다. 폴더를 먼저 만들고, 그 폴더를 노트 앱으로 열고, 그다음에 에이전트를 붙입니다. 반대로 하면 에이전트가 들어가 일할 자리가 없습니다.
- Obsidian — 노트 앱입니다. obsidian.md에서 내려받습니다. 개인 사용도, 업무 사용도, 비영리 사용도 무료입니다. 유료 상용 라이선스가 있지만 후원 성격의 선택 사항입니다. (라이선스 개요 2025년 2월 20일 갱신 기준)
- 작업 폴더 하나 — 이름은 무엇이든 좋습니다. 예를 들어
신호탐지-리뷰처럼 지금 하려는 일의 이름을 붙이면 나중에 찾기 쉽습니다. - Hermes 데스크톱 — 에이전트입니다. hermes-agent.nousresearch.com에서 내려받습니다. macOS 12 이상과 Windows 10/11은 설치 파일이 있고, Linux는 터미널 설치 방식입니다. MIT 라이선스 오픈소스이며 프로그램 자체는 무료입니다.
- 제공자 계정과 API 키 하나 — AI를 호출할 때만 쓰입니다.
하나 · 작업 폴더 만들기
강의에서 "대화가 아니라 폴더"라고 말씀드린 그 폴더를 실제로 만드는 단계입니다.
- 폴더를 하나 만듭니다. 바탕화면이든 문서함이든 상관없습니다.
- Obsidian을 열고 그 폴더를 보관함(vault) 으로 고릅니다.
- 새 노트를 하나 만들어 지금 쓰려는 주제를 한 줄 적습니다.
다 됐는지 보는 법. Obsidian 화면 안에서만 보면 이것이 진짜 내 컴퓨터의 파일인지 감이 오지 않습니다. 파일 탐색기(Windows) 또는 Finder(macOS)로 그 폴더를 직접 열어 보십시오. 방금 만든 노트가 .md로 끝나는 파일 하나로 보이면 된 것입니다. 이 파일은 마크다운, 곧 메모장으로도 열리는 평문입니다. 특정 프로그램에 갇히지 않고, 기관 서버나 백업에 그대로 올라가고, 나중에 이 강의에서 소개한 도구를 전부 버려도 자료는 남습니다.
앞으로 검색 기록, 근거 노트, 개념 그래프, 검토 결과가 전부 이 폴더에 쌓입니다.
둘 · 에이전트에 스킬 넣기
스킬은 일하는 순서를 적어 둔 설명서 파일 하나입니다. 프로그램이 아니라 사람이 읽을 수 있는 문서(SKILL.md)이고, 열어 보면 그냥 절차서입니다. 좋은 프롬프트를 외우는 것은 개인기지만 스킬은 절차의 표준화입니다. 업무 매뉴얼이나 표준작업지침서를 생각하시면 됩니다.
설치는 한 번뿐입니다. 그다음부터는 한국어로 요청만 하면 됩니다.
화면에서 하는 방법
- Hermes 데스크톱에서 Skills 화면을 엽니다.
- Learn a skill 버튼을 누릅니다.
- 아래 두 줄을 하나씩 붙여 넣고 실행합니다.
- 스킬 목록에 줄이 늘어났는지 확인합니다.
junhewk/hermes-medical-search/skills/medical-literature-search
junhewk/hermes-medical-review/skills/medical-article-review
터미널로 하는 방법
터미널(macOS는 터미널, Windows는 PowerShell)을 열고 한 줄씩 붙여 넣습니다.
hermes skills install junhewk/hermes-medical-search/skills/medical-literature-search
hermes skills install junhewk/hermes-medical-review/skills/medical-article-review
설치된 스킬은 ~/.hermes/skills/ 아래에 폴더 하나씩으로 놓입니다. 궁금하시면 열어서 SKILL.md를 읽어 보십시오. 이 도구가 무엇을 어떤 순서로 하는지가 전부 한국어가 아닌 영어 산문으로, 그러나 사람이 읽을 수 있는 형태로 적혀 있습니다.
| 스킬 | 하는 일 |
|---|---|
| 의학문헌 검색 | 질문을 자료원별 검색식으로 바꿔 PubMed · PMC · OpenAlex · Semantic Scholar를 돌고, 중복을 합쳐 결과를 파일로 남깁니다. Scopus는 기관 키가 있으면 더해집니다. |
| 논문 검토 | EQUATOR 보고 지침 14종 가운데 하나를 골라 원고를 항목별로 대조하고, 빠진 항목과 수정 제안을 파일로 남깁니다. |
셋 · 첫 검색
검색어를 먼저 떠올리면 이미 아는 것만 다시 찾게 됩니다. 질문을 칸으로 나누는 일이 먼저입니다. 그 칸이 그대로 서론의 한 문단, 방법의 한 절이 됩니다.
무엇이 무엇보다 나은지 묻는 질문이면 PICO(대상 · 중재 · 비교 · 결과)를 쓰고, 무엇이 어떻게 쓰이는지 지도를 그리는 질문이면 PCC(대상 · 개념 · 맥락)를 씁니다. 강의에서 든 예는 뒤쪽이었습니다.
| 칸 | 내용 |
|---|---|
| 대상 | 자발보고 자료, 약물감시 담당자 |
| 개념 | 기계학습 · 자연어처리 기반 신호탐지, 중복보고 정리, 인과성 평가 보조 |
| 맥락 | 시판 후 약물감시, 규제기관의 판단 |
칸 안의 말들은 "또는"으로 묶이고, 칸과 칸은 "그리고"로 묶입니다. 이 구조를 스킬이 자동으로 만들어 줍니다. 그러니 검색식을 손으로 쓸 필요는 없고, 요청 문장 하나면 됩니다.
붙여 넣을 요청 문장
이 폴더에서 작업해 줘. 내 주제로 문헌을 찾고 싶어.
승인이 필요한 방식으로, 검색식을 먼저 보여 주고 멈춰.
"내 주제로"가 바꿔 넣는 자리입니다. 그 자리에 지금 쓰고 계신 보고서나 논문의 주제를 한두 문장으로 적으시면 됩니다. 나머지는 그대로 두십시오. 좋은 프롬프트를 외울 필요가 없다는 이 강의의 논지가 이 한 문장으로 증명됩니다.
"승인이 필요한 방식"이라고 적은 것이 중요합니다. 검색 스킬에는 두 가지 실행 방식이 있습니다. 검토 모드는 검색식을 사람이 승인한 뒤에야 자료원당 100건까지 가져오고, 빠른 모드는 승인 없이 자료원당 20건으로 최근 3년 문헌을 훑습니다. 위 문장은 검토 모드를 부릅니다.
잘 됐을 때 화면에 보이는 것
- 자료원별 검색식이 먼저 뜨고 거기서 멈춥니다. 검색이 아직 시작되지 않은 상태입니다.
- 검색식이 세 덩어리로 갈라져 있는지 눈으로 확인합니다. 위의 PCC 세 칸과 대조해 보시면 됩니다. 고칠 것이 있으면 지금 말로 고치라고 하면 됩니다.
- 승인하면 자료원을 차례로 돕니다. 자료원마다 몇 건이 나왔는지, 중복이 몇 건 합쳐졌는지가 그대로 표시됩니다.
- 검색식과 순위를 매긴 결과가 작업 폴더 안에 파일로 남습니다.
강의에서 보여 드린 실행에서는 OpenAlex 100건, Semantic Scholar 59건, PubMed 40건, PMC 19건으로 모두 218건이 모였고, 중복 50건이 합쳐져 168건이 되었습니다. 숫자는 주제마다 다릅니다. 같아야 하는 것은 검색식을 먼저 보여 주고 멈춘다는 절차 쪽입니다. 챗봇은 검색어를 보여 주지 않고 답만 주지만, 여기서는 어떤 식으로 어디를 뒤질지 먼저 보여 주고 사람이 고칠 기회를 줍니다. 강의 앞부분에서 다룬 조작 인용 문제가 대부분 이 자리에서 막힙니다.
이 도구가 하지 않는 일도 분명히 해 두겠습니다. 순위는 찾아보기 편하라고 매기는 것이지 근거의 강도가 아닙니다. GRADE도, 비뚤림 평가도, 근거 수준 판정도 아닙니다. 무엇을 믿고 무엇을 뺄지는 그대로 사람에게 남습니다.
넷 · 개념 그래프 만들기
논문별 요약 스무 개로는 첫 문단을 쓰지 못합니다. 개념별로 모여야 쓸 거리가 생깁니다. 지식 그래프는 개념을 동그라미로, 개념 사이의 관계를 선으로 그린 그림이고, 태그와 다른 점은 선에 이름이 붙는다는 것 하나입니다. "신호탐지, 비례보고비, 기계학습"이라고 나열하는 대신 "신호탐지가 비례보고비를 사용함, 기계학습이 비례보고비를 보완함"으로 적히는 차이입니다.
별도 프로그램은 늘지 않습니다. Obsidian 안에 플러그인으로 들어갑니다.
- Obsidian 설정에서 커뮤니티 플러그인 → 탐색으로 가서 Simple Graph Builder를 찾아 설치하고 활성화합니다.
- 플러그인 설정에서 제공자와 API 키를 넣습니다. Claude · OpenAI · Gemini · Ollama(로컬 서버) 가운데 고를 수 있고, OpenAI 호환 서버(llama.cpp · LM Studio · vLLM)도 됩니다. 이 키는 Hermes에 넣은 키와 별개로 저장됩니다. 같은 키를 다시 넣어야 합니다.
- 노트를 하나 열고 명령어 팔레트에서 Analyze current note를 실행합니다.
- Open graph view로 그림을 엽니다.
마디는 열 가지 유형(사람 · 기관 · 개념 · 프로젝트 · 도구 · 사건 · 장소 · 문서 · 방법 · 주제)으로 고정되어 있고, 잇는 말은 자유롭게 붙습니다. 유형이 정해져 있어서 처음 보는 사람도 남의 그래프를 읽을 수 있습니다. 같은 개념이 "AI · 인공지능 · artificial intelligence"로 흩어지는 문제는 도구가 자동으로 합쳐 주며, 한국어 표기 정규화도 합니다.
그림이 나왔다면 여기서 멈추지 마십시오. 그래프를 글의 뼈대로 바꾸는 읽기가 이 단계의 값입니다.
| 화면에서 보이는 것 | 글에서 되는 것 |
|---|---|
| 가장 굵게 뭉친 덩어리 | 서론에서 먼저 소개할 개념 |
| 두 덩어리를 잇는 선 | 두 문단을 잇는 자리 |
| 선이 하나뿐인 외딴 마디 | 아직 조심해서 말해야 할 부분 |
개념을 넓히는 일은 주장을 부풀리는 일이 아니라 구조를 세우는 일입니다. 개념이 정리될수록 어디까지가 근거 위의 말인지 또렷해지고 과장이 오히려 줄어듭니다.
다섯 · 원고를 점검표로 대조하기
지금 검토할 원고가 있는 분만 하시면 됩니다. 원고가 없으면 이 절은 나중에 읽으셔도 됩니다.
새로 만들 틀은 없습니다. 논문 종류마다 무엇을 적어야 하는지 정한 국제 점검표가 이미 있고, 검토 스킬에 14종이 들어 있습니다. 관찰연구는 STROBE, 보건의료 축적자료 기반 관찰연구는 RECORD, 범위 문헌고찰은 PRISMA-ScR, 예측모형과 AI 모형은 TRIPOD+AI입니다. 보고서와 지침에서는 기관의 서식과 내부 검토 기준이 정확히 같은 자리를 차지합니다. 원리는 같습니다. 쓰기 전에 무엇을 적어야 하는지 정한 목록을 먼저 열고, 그것을 AI에게 건네는 것입니다.
Hermes에 한국어로 요청하시면 됩니다. 예를 들면 이렇습니다.
내 원고를 검토하고 싶어. 범위 문헌고찰이니까 PRISMA-ScR로 작업 공간을 만들어 줘.
그러면 작업 공간이 만들어지고, 원고는 manuscript/ 폴더에, 프로토콜이나 통계분석계획 같은 근거 자료는 materials/ 폴더에 넣게 됩니다. 그다음 도구가 하는 일은 셋입니다. 점검표 항목마다 원고의 어느 자리에 해당 내용이 있는지 짝짓고, 빠진 항목을 따로 뽑고, 보고된 숫자를 다시 계산합니다. 숫자 검산에는 GRIM 검정(보고된 평균과 표본수 조합이 산술적으로 가능한지 확인하는 방법)과 백분율 재계산, 신뢰구간 점검이 들어갑니다. 사람 눈으로는 못 잡고 모델의 판단으로도 못 잡는 종류입니다.
강의에서 보여 드린 예에서는 22항목 중 12항목이 보고, 3항목이 부분 보고, 5항목이 누락, 2항목이 해당없음으로 나왔고, 숫자 검산에서 "12편 중 9편(72%)"이 걸렸습니다. 9를 12로 나누면 75.0%입니다.
이 도구는 원고를 직접 고치지 않습니다. 받아들이기로 한 지적만 revisions/f-0001.md 같은 파일로 쌓이고, 원문과 바꿀 문장이 나란히 적힙니다. 고칠지 말지는 저자가 정합니다. 원고 파일은 손대지 않은 채 그대로 남습니다.
막히면
혼자 하다 막히는 자리는 대개 정해져 있습니다. 위에서부터 순서대로 확인해 보십시오.
| 증상 | 원인 | 해결 |
|---|---|---|
| 스킬이 안 보임 | 설치가 끝나지 않음 | Skills 목록에 줄이 늘었는지 확인합니다. 없으면 설치를 다시 합니다. |
| 검색이 안 돎 | 제공자 키가 안 들어감 | Hermes 설정에서 제공자와 API 키가 저장돼 있는지 확인합니다. |
| 그래프가 비어 있음 | 노트가 그 폴더 밖에 있음 | 분석하려는 노트가 보관함으로 연 그 폴더 안에 있는지 확인합니다. |
| 그래프에 마디가 몇 개뿐임 | 노트가 적음 | 정상입니다. 노트 열 편쯤 모은 뒤 다시 여십시오. |
| Obsidian 플러그인이 키가 없다고 함 | 플러그인 키는 Hermes 키와 별개로 저장됨 | 플러그인 설정에서 제공자와 키를 따로 넣습니다. |
uvx를 찾을 수 없다는 오류 | 두 스킬 모두 검색·검토 프로그램을 uv로 그때그때 불러 씀 | uv를 설치합니다. macOS·Linux는 curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh, Windows PowerShell은 powershell -ExecutionPolicy ByPass -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex" 입니다. 설치 후 창을 닫았다 다시 엽니다. |
git이 없다는 오류 | 프로그램을 GitHub에서 직접 받아오는 방식임 | Git을 설치합니다. Windows는 git-scm.com, macOS는 xcode-select --install 입니다. |
| Semantic Scholar에서 429 오류 | 키 없이 돌리면 호출 제한에 걸릴 수 있음 | 잠시 뒤 다시 실행하거나, 그 자료원을 빼고 진행합니다. 다른 자료원 결과는 그대로 남습니다. |
| PubMed·PMC 검색이 안 됨 | NCBI가 연락용 전자우편 주소를 요구함 | 검색 스킬 README의 NCBI_EMAIL 설정을 확인해 주십시오. |
내려받는 곳
강의 마지막 장에 있던 목록입니다. 위 둘은 오늘 반드시 필요한 무료 프로그램이고, 가운데 셋은 오늘 쓴 도구이며, 아래 셋은 같은 일을 끝까지 밀고 갈 때 보시면 되는 것들입니다. 가운데와 아래의 여섯 저장소는 모두 발표자가 만들어 공개한 MIT 라이선스 오픈소스입니다.
프로그램 둘
| 이름 | 하는 일 | 누구에게 필요한가 |
|---|---|---|
| Obsidian | 평문 마크다운 파일로 노트를 쓰는 앱. 작업 폴더가 되는 자리입니다. | 전원 |
| Hermes 데스크톱 | 내 폴더에서 직접 읽고 쓰며 스킬을 실행하는 에이전트. | 검색·검토 스킬을 쓰실 분 |
오늘의 도구 셋
| 이름 | 하는 일 | 누구에게 필요한가 |
|---|---|---|
| hermes-medical-search | 질문을 자료원별 검색식으로 바꿔 네 곳을 돌고 결과를 파일로 남기는 스킬. | 문헌을 모으는 분 |
| simple-graph-builder | 노트에서 개념과 관계를 뽑아 그래프로 그리는 Obsidian 플러그인. | 개념을 정리해야 하는 분 |
| hermes-medical-review | 보고 지침 점검표로 원고를 대조하고 수정 제안을 파일로 남기는 스킬. | 원고를 점검하는 분 |
그다음 도구 셋
| 이름 | 하는 일 | 누구에게 필요한가 |
|---|---|---|
| medical-deep-research | 검색과 선별을 거쳐 인용이 달린 합성 보고서까지 쓰는 데스크톱 앱. | 근거 모으기를 끝까지 자동화하고 싶은 분 |
| ResearchWiki | 논문 원문을 읽어 개념 그래프와 개념별 문서를 만드는 데스크톱 앱. | 개념별 한 장이 필요한 분 |
| ResearchDesk | 프로토콜·통계분석계획·점검표를 묶고 원고가 설계에서 벗어난 정도를 재는 데스크톱 앱. | 설계 단계부터 기록을 남기려는 분 |
각 도구를 무엇에 쓰는지 한자리에 정리한 도구 상자도 있습니다.
직접 해 보기약 40분
오늘 저녁에 여기까지만 해 보십시오.
- 폴더 하나를 만들고 Obsidian으로 엽니다.
- 지금 쓰고 계신 보고서나 논문의 주제를 노트 한 편에 세 줄로 적습니다. 대상 · 개념 · 맥락 세 칸으로 나누어 적으면 다음 단계가 수월합니다.
- Hermes에 스킬 둘을 설치합니다.
- 위의 요청 문장을 붙여 넣고, 검색식이 뜨는 화면까지만 가 봅니다. 승인은 하지 않아도 됩니다.
여기까지 오면 오늘 강의에서 화면으로 보신 것을 자기 컴퓨터에서 재현하신 것입니다. 검색식 화면 한 장을 게시판에 올려 주시면, 세 덩어리가 제대로 갈라졌는지 같이 봐 드리겠습니다.
연구에 적용하면
도구를 하나도 설치하지 못하셨더라도 오늘 당장 되는 것이 둘 있습니다. 쓰기 전에 지켜야 할 기준을 먼저 여는 것(논문이면 학술지 점검표, 보고서와 지침이면 기관 서식과 검토 기준), 그리고 AI에게 무엇을 시켰는지 적어 두는 것입니다. 둘 다 프로그램이 필요 없고, 빠진 항목을 줄이는 데 가장 값싸고 효과가 큽니다.
나머지 셋도 같은 자리를 가리킵니다. 질문을 세 칸으로 먼저 나누기, 검색식과 뺀 이유를 파일로 남기기, 논문별이 아니라 개념별로 모으기. 검색식과 선별 기준을 남기는 일은 규제 업무에서 이미 익숙한 요구입니다. 새 규범이 아니라 익숙한 규범을 연구 쪽으로 옮기는 일입니다.
다음은 어디로
이 페이지는 90분 강의를 재현하는 데까지만 데려다 줍니다. 같은 내용을 더 천천히, 왜 그렇게 하는지까지 풀어 둔 곳이 모듈 4 · 에이전트의 작업대입니다. 폴더와 스킬, 그리고 터미널이 처음 나오는 자리를 한 걸음씩 나누어 두었습니다. 개념 그래프를 더 파고 싶으시면 그다음 모듈로 이어집니다.
막힌 곳은 막힌 곳 게시판에 올려 주십시오. 전자우편으로 보내 주셔도 답은 드리지만, 게시판에 올리면 같은 자리에서 막힌 다른 분에게도 답이 남습니다. 이 사이트의 목표는 강의가 아니라 함께 연구하는 모임을 만드는 것이고, 그 모임은 막힌 곳을 나누는 데서 시작합니다.
강의 내용에 대한 질문이나 자료 요청은 junhewk.kim@gmail.com · blog.aiethics.dev로 연락 주셔도 됩니다.